./configure --prefix=$HOME/cdo-1.9.8 --with-hdf5=/usr/include/ --with-netcdf=/usr/include/ --with-proj=/opt/share/proj/7.2.1 --with-netcdf=/opt/share/NetCDF4/netcdf-c/4.7.2
基本的な考え方
cdo [operator] [infile.nc] [outfile.nc]
netcdfファイルからのある変数データの切り出し
cdo select,name=HDC,timestep=51 TOPicemsk.nc out.nc51番目の時刻のHDCという変数をout.ncファイルに出力します。ある期間をすべてぬきだすにはtimestep=start/end
netcdfファイルの演算（定数）
cdo subc,273.15 T2_kelvin.nc T2_celcius.nc cdo expr,'evap=evap*31.556926/2.454*0.01' rain_wm2.nc rain_mma.ncsubcの代わりにaddc, mulc, divcで四則演算ができます。
netcdfファイルの演算（複数ファイル）
cdo sub HDC_21ka.nc HDC_0ka.nc HDC_21ka-0ka.ncHDC_21ka.nc HDC_0ka.ncはそれぞれ(x,y)で定義されており、高さ方向と時間方向にデータは1つしかないとします。HDC_21ka.nc HDC_0ka.ncの差がHDC_21ka-0ka.ncに出力されます。同じようにadd, mul, divができます。
Netcdfファイルの演算（気候値の作成）
cdo select,timestep=1/360 data_1979-2018_monthly.nc data_1981-2010.nc 1番目から360番まで抜き出し cdo timmean data_1981-2010.nc data_1981-2010_ave.nc 全時刻の平均 cdo zonmean data_1981-2010.nc data_1981-2010_zonmean.nc 東西平均 cdo fldmean T2.nc T2_globalmean.nc 全領域平均 cdo fldmax out.nc out2.nc 領域内最大値 cdo fldmin out.nc out2.nc 領域内最小値 cdo vertavg vo2.nc vo3.nc 鉛直平均 cdo timselmean,10 1yrclimatology.nc 10yrclimatology.nc 10時刻ごとの時間平均（ビン平均。移動平均running meanはまた別のやり方がある）
実はこのような演算は1行でもできる
cdo select,name=T2 -timmean all.nc T2_timmean.nc
netcdfファイルの演算
cdo gtc,1 h.nc mask.nc 1以上=1
ある一部データだけ取り出す
cdo yearmean -selmon,1 data_1981-2010.nc data_1981-2010_jan.nc 1月のみ取り出す cdo yearmean -selmon,1,2,12 data_1981-2010.nc data_1981-2010_djf.nc DJFのみ取り出す cdo yearmean -selmon,6,7,8 data_1981-2010.nc data_1981-2010_jja.nc JJAのみ取り出す cdo select,name=temperature,level=-450 oceantemp.nc out.nc ある鉛直軸のみ切り出す cdo sellonlatbox,0,360,-90,-60 1.nc 2.nc ある緯度経度領域内のみ切り出す cdo -remapbil,lon=248_lat=-79.5 T2.nc 1.nc ある緯度経度地点における値をbilinear interpolationを用いて抽出する cdo selindexbox,96,120,11,17 meridional_overturning_circulation.nc out.nc ある軸の値の範囲のみぬきだす （AMOCの計算するときに深度方向の幅を決めるのだが、たいていの場合深度方向のgridsizeが違うのでこうやって数値で指定したほうが速い）
アンサンブル平均と分散
cdo ensmean 11.nc 21.nc 31.nc 41.nc 51.nc 101.nc cdo ensstd 11.nc 21.nc 31.nc 41.nc 51.nc 102.nc
マスクファイルを読んで欠損領域を指定
cdo ifthen ../miroc_util/geo2d_lgm_T.nc to.nc to_masked.ncここでgeo2d_lgm_T.ncは海に1, 陸に0が入った2次元配列のファイルです。
欠損値の設定および変更
cdo setmissval,nan 1.nc 2.nc 欠損値の値（たとえば-999の値＝欠損と定義されているなど）をnanに変更する cdo setmisstoc,0 2.nc 3.nc 欠損値に0を代入する cdo setrtomiss,-2e+32,-1e+31 2.nc 3.nc ある範囲の値を欠損値とする（この場合--2.0e-32〜-1.0e+31の範囲をもつ値領域が欠損値となる） cdo setvrange,0.5,1.5 gridx01.nc gridx1.nc ある範囲の値以外を欠損値とする
時刻情報の変更
cdo settaxis,-20750,00:00:00,500year 1.nc 21-13ka_every500a.nc 20.75kaから500年ごと cdo settaxis,2100-01-15,00:00:00,1month 1.nc 2.nc 2100年1月から1月ごと
Netcdf handling
変数名を変更する（netcdf fortranのnf_get_var_だと、次元名と変数名が完全に同一だった場合正常に読めないため）cdo -chname,to,mask out.nc out1.nc ncrename -v LATITUDE,lat Radar_SMB_DomeFuji_2018-19.nc
不要な変数の削除
cdo delete,name=age_c,age_t,enh_c,enh_t,enth_c,enth_t,omega_c,omega_t,temp_c,temp_mm,temp_r,vx_c,vx_t,vy_c,vy_t,vz_c,vz_t v5_ant32_b2_future09_ctrl0005.nc 2dvariables.nc
水平方向の内層
cdo remapbil,r360x181 sst_original.nc sst_1x1.nc cdo remapbil,t42grid sat_original.nc sst_t42.ncr360x181は1x1 gridになります。r1x145等。t42はgaussian T42になります（128x64）。
鉛直方向の内層
cdo intlevel,1000,925,850,800,750,700,600,500,400,300,250,200,150,100,70,50,30,20,10 1.nc 2.ncこれは気圧面への内層。同様に海洋の水深も内層できます
ascii fileの書き出し
cdo output out.ncで、out.ncが配列(1,1)などであれば、単に値だけ出てくるし、(nx, ny)等の配列であればX,Y情報を抜いた値がnx*nyだけ並んで出てくる
cdo outputtab,lat,lev,value 7.ncはout.ncが配列(lon,lat,lev)の形をしている場合、lat, lev, valueの3次元テキストのテーブルが出力されます.
作図のためのascii fileの書き出し
cdo gmtxyz out.nc | psxy -J -R ... cdo gmtcells out.nc | psxy -J -R -M ...GMT ascii table用。古いバージョンだとこのoperatorがない場合があります。gmtのgrd2xyzで対応していない緯度方向可変gridも反映されます！
Grads -> Netcdf
grads binary -> netcdf（.ctlファイルの中に dset ^tmp.grdがある状態で）cdo -f nc import_binary tmp.ctl out.nc
ascii -> netcdf
ascii -> netcdfを変換
awk -F, '{if(NR>4.5) print $3}' B_TMP2m_ANN.csv > tmp.txt
cat tmp.txt cdo -f nc input,jra55grid.txt B_TMP2m_ANN.nc
cat tmp.txt | cdo -f nc input,grid128x65.txt 1.nc
ここで, jra55grid.txtは
gridtype = lonlat xsize = 288 ysize = 145 xfirst = 0.0 xinc = 1.25 yfirst = 90.0 yinc = -1.25のようなファイルです.
ファイルの連結（たとえば1年1ファイルだったり、1変数1ファイルだったものをすべて1つのファイルにする）
cdo mergetime T2_2000.nc T2_2001.nc T2_2002.nc T2_2000-2002.nc cdo merge out1.nc out2.nc out3.nc out4.nc out5.nc out6.nc out7.nc out8.nc cdo cat T2_*.nc T2_all.nc cdo merge s.nc H.nc Ac.nc Acp.nc Tsa.nc b.nc ms.nc 2dvariables.nc
ncatted -a units,lon,o,c,"degrees_east" -a units,lat,o,c,"degrees_north" ai.nc ai1.nc cdo gridarea ai1.nc gridarea.nc グリッド面積の計算 cdo setrtomiss,0,0.15 ai1.nc ai_015.nc ある値以下を持つグリッドを欠損値にする cdo mul gridarea.nc ai_015.nc ai_015_gridarea.nc 掛け算 cdo fldsum ai_015_gridarea.nc ice_extent.nc 全領域実践編[2] 大気流線関数（東西平均, ハドレー循環, ハドレーセル）の計算
echo 'zaxistype = generic' > zaxis.txt echo 'size = 32' >> zaxis.txt echo 'name = layer' >> zaxis.txt echo 'units = Pa' >> zaxis.txt echo 'levels = 1000 2000 3000 5000 7500 10000 12500 15000 17500 20000 22500 25000 30000 35000 40000 45000 50000 55000 60000 65000 70000 75000 77500 80000 82500 85000 87500 90000 92500 95000 97500 100000' >> zaxis.txt cdo setzaxis,zaxis.txt out.nc v.nc 鉛直軸のセット（単位を"Pa"にしたうえで外挿） cdo zonmean v.nc v_zm.nc 東西平均 cdo setmisstoc,0 v_zm.nc v_zm2.nc 欠損領域はわるさをしないように0 cdo mastrfu v_zm2.nc streamf.nc 流線関数の計算 cdo divc,1000000000 streamf.nc streamf2.nc 10^9m3/sec実践編[3] 気候モデル（lat-lonで定義されているclimatemodel.nc）から氷床モデル（南極極投影cartesian）への座標変換
echo gridtype=projection > mygrid.txt echo xsize=191 >> mygrid.txt echo ysize=191 >> mygrid.txt echo xunits="meter" >> mygrid.txt echo yunits="meter" >> mygrid.txt echo xfirst=-3040000 >> mygrid.txt echo xinc=32000 >> mygrid.txt echo yfirst=-3040000 >> mygrid.txt echo yinc=32000 >> mygrid.txt echo grid_mapping=crs >> mygrid.txt echo grid_mapping_name=polar_stereographic >> mygrid.txt echo 'proj_params="+proj=stere +lat_0=-90 +lon_0=0 +lat_ts=-71 +ellps=WGS84 +datum=WGS84"' >> mygrid.txt cdo remapbil,grid.txt climatemodel.nc regridded.ncこれが動作するためには、cdoのインストール時にprojライブラリが参照されている必要があります。./configure --with-hdf5=/usr/include/ --with-netcdf=/usr/include/ --with-proj=/opt/share/proj/7.2.1
cat << EOF > ingrid.txt gridtype=projection xsize=761 ysize=761 xunits=meter yunits=meter xfirst=-3040000 xinc=8000 yfirst=-3040000 yinc=8000 grid_mapping=crs grid_mapping_name=polar_stereographic proj_params="+proj=stere +lat_0=-90 +lon_0=0 +lat_ts=-71 +ellps=WGS84 +datum=WGS84" EOF cat <変換前ファイルのgrid情報がgenericとかかれていてcdo remapbilだけだと認識できないばあい、返還前ファイルのgrid情報をingrid.txtに記入してあげます。mygrid.txt gridtype=projection xsize=191 ysize=191 xunits=meter yunits=meter xfirst=-3040000 xinc=32000 yfirst=-3040000 yinc=32000 grid_mapping=crs grid_mapping_name=polar_stereographic proj_params="+proj=stere +lat_0=-90 +lon_0=0 +lat_ts=-71 +ellps=WGS84 +datum=WGS84" EOF cdo remapbil,mygrid.txt -setgrid,ingrid.txt 8km.nc 32km.nc
cdo select,name=var infile.nc var.nc cdo select,name=lon infile.nc lon.nc cdo select,name=lat infile.nc lat.nc echo gridtype=curvilinear > ingrid.txt echo gridsize=4842961 >> ingrid.txt echo xsize=1681 >> ingrid.txt echo ysize=2881 >> ingrid.txt echo "xvals=" >> ingrid.txt cdo output lon.nc >> ingrid.txt echo "yvals=" >> ingrid.txt cdo output lat.nc >> ingrid.txtとして、あとは cdo remapbil,ingrid.txt -setgrid,ingrid.txt infile.nc out.nc
ncatted -a units,lon,o,c,"degrees_east" -a units,lat,o,c,"degrees_north" ai.nc ai1.nc （cdoのremapbilなどは, "degrees_east""degrees_north"となっていないと正常に動作しないため） cdo setattribute,iceconc_mm_srf@missing_value=0.0 out.nc a1.nc 欠損値 cdo setattribute,GRIDX@flag_values="0,1,...",GRIDX@flag_meanings="0:ocean, 1:icesheet, 2-10:different land vegetation types" tmp2.nc tmp3.nc
cdo subc (Warning): Some data values (min=-86630 max=-26095) are outside the
valid range (-32768 - 32767) of the used output precision!
Use the CDO option -b 32 or -b 64 to increase the output precision.
cdf_put_vara_double : ncid = 131072 varid = 4 val0 = -86630.000000
cdf_put_vara_double : varname = temp
だとか
cdf_put_vara_double: name=t_dd type=NC_INT minval=-31.000000 maxval=100000002004087734272.000000 Error (cdf_put_vara_double): NetCDF: Numeric conversion not representablenetcdfファイルの精度を超えた演算をするとエラーになる。この場合はoptionを1つ加えて
cdo -b 32 subc,273.15 1.nc 2.nc cdo -b F64 sub ctl.nc obs.nc bias.ncで通る。
エラー（というよりは描画ツールとの相性？）
cdoで変換したnetcdfがgradsのsdfopenで正常に読めないことがあります。見た範囲では、変数の次元定義が(time, lat, lon)になってないと正常に読めないのではないかと思います（gradsがあまりわからないので要検討。）